目前，在干細胞的基礎研究和臨床治療研究中，首要來源是自體干細胞。其次是異體干細胞，此外，還有經過特殊培養的動物來源的干細胞等。所謂干細胞的內源性污染，著重強調的是細胞自身所攜帶傳染性疾病以及遺傳性疾病的問題。內源性污染的途徑及可能的危害。細胞自身所攜帶傳染性疾病在細胞的使用過程中，傳染性疾病的傳播是一個大家普遍關心的問題，其風險程度和可能的傳播后果，會隨著細胞的來源、操作或培養方法以及是否采取適當的控制措施而有不同。例如，使用異體細胞而非自體細胞，可增加傳播傳染病的風險，因為供體可能攜帶有受體易感的傳染病病原體。而即便是自體細胞,如果被HCMV等病毒所潛伏感染，體外培養過程中，適宜條件下病毒可能迅速復制擴增，在細胞回輸時發生感染。

    同時處于免疫抑制或免疫低下狀態的患者，體內潛伏的病毒也會進一步活化，導致感染的發生。未知或罕見病原體的污染如豬來源的干細胞逆轉錄病毒的攜帶等。細胞自身所攜帶遺傳性疾病某些特殊的染色體隱性遺傳病的供體，由于其自身缺乏可供檢測的表型，可能會造成受體引入遺傳性疾病的風險。外源性污染，外源性污染的來源外源性污染，通常是指外源性微生物污染，包括細菌、支原體、真菌和病毒污染等。